La selva misionera ocupa más del 30% de la provincia de misiones, se destaca por altos registros pluviométricos, por los vientos húmedos que provienen del océano atlántico. Es una zona húmeda, con una temperatura promedio de 30ºC y con una formación vegetal muy variada, debido a los suelos ricos en materia orgánica.
Hasta mediados del siglo XX la selva cubría casi toda la provincia de misiones, pero debido a la desforestación y quema de la selva, con el propósito de cultivar te, tabaco y yerba mate, desaparece progresivamente y por lo tanto provoca que muchas especies de animales estén en peligro de extinción.
Las especies más llamativas son:
La harpía es un águila, una de las más grandes de su familia. Es reconocible porque tiene un copete sobre la nuca, que puede levantar a voluntad. Sus poderosas uñas pueden alcanzar los 7 centímetros de largo y sus alas están adaptadas para desplazarse en la selva.Aguila viuda
Es solitario, se alimenta de mamíferos, reptiles y aves. Su nicho son áreas boscosas, en los bordes, gustando de zonas abiertas cercanas, planea avistando presas. Se posa en perchas y se arroja en picado al suelo. Se alimenta de aves (codorniz, perdiz, tucán), y mamíferos hasta el tamaño de un zorro, lagartijas grandes. Mide de longitud 50 a 70 cm, pesan entre 600-900 g.
Aguila calzada barreada
El águila crestuda real o aguila calzada barreada es un predador medio a grande de entre 60 a 70 cm de longitud, y un peso que ronda los 1,2 kg. Tiene el dorso de color pardo oscuro o chocolate y alas negras satinadas, algo más grandes que las de un azor; las partes inferiores con un hermoso jaspeado en gruesas bandas blancas y negras; un par de "bigotes" negros que delimitan una gorguera blanca, y una cresta también negra que se yergue cuando se excita.
Águila monera
El Águila Monera (Morphnus guianensis), o Águila Crestada, es natural de las Américas. Su distribución comprende desde Guatemala hasta el norte de Argentina. En su alimentación incluye animales que habitan en los árboles como pequeños monos; así como los tamarinos, otros mamíferos, iguanas y aves medianas.
De longitud logra de 71 a 89 cm. Las hembras son más grandes que los machos, al igual que muchas especies de animales.
Pato serrucho
El pato serrucho (Mergus octosetaceus) es una especie de ave anseriforme de la familia Anatidae propia de Sudamérica. Es un pato desconfiado que se zambulle rápidamente y se posa en piedras sobre el agua.
Presenta un largo copete en la nuca, tiene la cabeza y el fino cuello negruzco, dorso pardo oscuro, amplio espejo alar blanco, más notable en vuelo. Ventralmente barreado de color pardo ocráceo. Con un pico largo, fino de color negro y patas rojizas.
Yacutinga
Son grandes guacamayos que atraen la atención por su vívido y espectacular colorido, y su llamado estridente con el que se comunican durante el vuelo. Los ejemplares jóvenes se parecen a los adultos, pero tienen la cola más corta. Esta especie se distribuye en amplio rango por toda Sudamérica, desde el este de Panamá, noroeste y este de Colombia, este del Perú y Ecuador, toda Venezuela, las tres Guayanas, Brasil, nordeste y este de Bolivia y Paraguay y el norte de Argentina. 
Loro vinoso
El loro vinoso es un Psitácido mediano, de unos 30 centímetros. Su plumaje rufo violáceo en el pecho, frente rojo, y cuello dorsal escamado celeste lo destacan como uno de los loros más hermosos de la Argentina.
Es endémica de la selva Atlántica del sudeste de Brasil, este de Paraguay y Misiones en Argentina. En Argentina está considerada como En Peligro Crítico. A nivel internacional, a partir de 2009 se considera En Peligro.
Loro chorao
Tiene de 25 a 35 cm; su cara, frente y hombros son rojos. Las plumas primarias y secundarias son azuladas; el resto del cuerpo verdoso con excepción de la cola con un ápice amarillento y su pico es de color claro. En 1960, se estimaba el área de piñales para el chorao en 210.000 ha de la provincia de Misiones. En 2007 quedan 1.500 a 2.000 ha. Y con la suma de la caza de pichones para cautiverio de mascota, la hacen figurar en el Lista Roja de la UICN . Está incluida en Lista Oficial de Especies Amenazadas de Brasil.
Tucán
Los tucanes son aves de plumas y pico de colores muy llamativos por su brillantez y colorido. Llegan a medir hasta 60 cm. Su pico es largo, macizo con dientecillos como sierra llega a medir la tercera parte de su tamaño y es muy ligero por las numerosas cámaras que tiene por lo que no le dificulta el vuelo. Se alimentan de frutos, insectos y otras presas como pequeñas lagartijas, y pichones y huevos de otras aves. Son arbóreos, suelen posarse sobre las ramas en lugar de trepar por ellas, y anidan en los huecos de los árboles, poniendo de dos a cuatro huevos.
Zorro pitoco
Con su cuerpo similar a un perro, de afilado hocico, grandes orejas y ojos vivaces, los zorros son una típica presencia en zonas rurales de la Argentina. Prácticamente en todo el territorio nacional hay zorros de distintas especies que en algunos casos superponen sus áreas de distribución. Aunque no es bien conocido, en comparación a otros canidos más grandes, es considerado un ser muy social, viviendo en grupos de hasta 10 individuos.
Después una gestación de aproximadamente 67 días, nace una camada de uno a seis cachorros.
Ocelote
El ocelote es una especie de felino de mediano tamaño, con una longitud de cabeza y cuerpo de 70 - 90 cm, cola relativamente corta y un peso en el entorno de los 11 kg. Poseen grandes orejas y gran sentido del oído, con unos ojos grandes y expresivos. Un gran parecido a una mezcla de Gato y Leopardo. Cazan en solitario o en grupos familiares, y el éxito de la captura dependerá sobre todo de la vista y el oído; el olfato también está muy desarrollado, pero éste lo suelen emplear en el examen de la presa y en el reconocimiento del territorio marcado con orina por otros machos de la especie.
Tatú carreta
El tatú carreta es el más grande de los armadillos que aún viven. Mide alrededor de 1,5 metros de longitud, desde el hocico a la punta de la cola y suele pesar 60 kilos. Tiene un caparazón oscuro, formado por numerosas placas ordenadas en filas transversales, que llegan a cubrir también la cola.
Se alimenta de invertebrados como hormigas, termes, arañas, gusanos y larvas, que obtiene destrozando hormigueros y termiteros o desmembrando troncos podridos.
Aguara guazú
El aguará guazú tiene un aspecto similar al de un perro de patas largas. Desde el lomo al suelo puede medir unos 80 centímetros y del hocico a las ancas, cerca de 1,25 metro, a lo cual hay que agregar una cola de unos 40 centímetros. Las largas extremidades le permiten ser un veloz corredor y un muy buen saltador, bien adaptado a los terrenos abiertos e inundados donde habita.
Venado de las pampas
Este animal, perteneciente a la familia de los cérvidos, tiene una altura, del lomo al suelo, de unos 70 centímetros. Puede pesar de 30 a 40 kilos. Se considera al venado de las pampas como el cérvido más amenazado de toda América del sur. Continúa la caza furtiva, y las áreas en que se desarrollaba naturalmente son ocupadas poco a poco con establecimientos fabriles o explotaciones agropecuarias.
Tapir
Son animales de tamaño mediano, con una longitud que varía desde el 1,8 m hasta los 2,5 m, con una cola de 5 a 10 cm de largo, y una altura en la cruz de 70 cm a 1 m y un peso de 220 a 300 kg. Sin embargo, la principal característica del tapir es su alargado hocico en forma de pequeña probóscide, que usa principalmente para arrancar las hojas, hierbas y raíces que constituyen su alimento.
Nutria gigante
La nutria gigante (Pteronura brasiliensis) es una especie de mamífero carnívoro de la familia Mustelidae que habita principalmente en la Amazonia. Es la única especie del género Pteronura y la más larga entre los mustélidos; los adultos miden entre 1,5 y 1,8 m y pesan entre 22 y 45 kg.
Desde 1999, la especie fue catalogada en peligro de extinción; los cálculos poblacionales por lo general estiman un número inferior a los 5000 individuos en su medio natural. La degradación y pérdida del hábitat se convirtió en la principal amenaza tras la suspensión de la caza.
Se encuentran pocos individuos en cautiverio; en 2003, solo 60 animales de hallaban cautivos.
Yaguareté
El jaguar, yaguar o yaguareté (Panthera onca) es un carnívoro félido de la subfamilia de los Panterinos y género Panthera y la única de las cuatro especies actuales de este género que se encuentra en América. También es el mayor félido de América y el tercero del mundo, después del tigre (Panthera tigris) y el león (Panthera leo). Es fundamentalmente solitario. Caza tendiendo emboscadas, siendo oportunista a la hora de elegir las presas. Es una especie clave para la estabilización de los ecosistemas en los que habita; al ser un superpredador, regula las poblaciones de las especies que captura. Panthera onca está calificado en la Lista Roja de la UICN como «especie casi amenazada y su número está en declive.
Su cuerpo mide entre 100 y 120 cm de longitud y su cola de 60 a 90 cm; pesa de 25 a 39 kg. El hocico es muy alargado y cónico. La lengua tiene 60 cm de largo y está recubierta por una substancia adherente para capturar los insectos de los que se alimenta. Carece de dientes.
Es buen nadador, penetrando en el agua a menudo e incluso es capaz de atravesar a nado ríos de notable anchura.
A veces galopa para encontrar alimento o huir de los depredadores, a los que, si es el caso, se enfrenta con sus garras. Incluso un jaguar evita luchar con un hormiguero gigante, que es un adversario temible.
Yacaré overo
El yacaré es un reptil que puede pesar unos 55 kilos y medir 2,10 metros de largo. Su boca está armada de una impresionante dentadura ubicada en un hocico corto y ancho de bordes redondeados. El cuerpo es verde oliváceo, salpicado de manchas y rayas oscuras y amarillentas en el lomo. Tiene una poderosa cola articulada que presenta una cresta dorsal.
Captura peces, tortugas de río, batracios, culebras, caracoles e insectos. En alguna ocasión puede atacar algún ave o mamífero, inclusive del tamaño de una corzuela.
Entre sus enemigos naturales, sólo el yaguareté se atreve a atacarlos, pero los yacarés tienen otro enemigo: el hombre. El cuero del yacaré se ha utilizado desde hace muchos años en la industria del calzado y otras actividades, por lo cual se lo ha diezmado.
